Heinijärven Suojelu oli mukana loppukesästä 2011 käynnistyneessä Pohjois-Tammelan vesistöjen vesitalouden hallinta ja virkistyskäyttömahdollisuuksien parantaminen -hankkeessa.
Hanke oli jatkoa Luoteis-Tammelan vesistöjen kunnostushankkeelle. Hankkeessa tehtiin suunnitelmat Heinijärven ja Jänijärven tulvahuippujen tasaamiseksi ja ravinne- ja kiintoaineiden kulkeutumisen estämiseksi. Lisäksi rakennettiin Jänijärvelle pohjapato. Suunnitelmat teetettiin myös Heinijärven pohjapadon rakentamisesta, mutta suunnitelmat kaatuivat padon vastustukseen.
Etelä-Suomen aluehallintoviraston luvalla Kyynärä- ja Saloistenjärven vedenkorkeuksia nostettiin elokuussa 2014 rakentamalla pohjakynnykset. Kartta.
Myllyojan kosteikko ja Hylönjärvenojan laskeutusallas valmistuivat 2013 syksyllä (alueen sijaintikartta). Hylöjärvenojan altaan teon yhteydessä korotettiin Haarankorventietä 30 metrin matkalta.