Heinijärvi ei ole moniin vuosiin kärsinyt laajoista sinileväsesiintymistä. Kesällä 2016 levää esiintyi ajoittain, mutta tyypillisesti sinilevää on aina enemmän syksyllä veden viiletessä. Leväpitoisen veden myrkyllisyyden toteaminen on haastavaa, koska elinkaaren eri vaiheissa sama levä voi kehittää myrkkyä ja sitten taas olla vaaratonta. Siksi sinilevään tulee suhtautua aina varoen. Ympäristöhallinnon sivuilla on tietoa sinilevän tunnistamisesta ja sinileväpitoisen veden käyttörajoituksista.
Heinijärven vesi tutkittiin 10.10. 2016 Novalabin laboratoriossa Karkkilassa, ja siitä löytyi kaksi sinileväsukua: Anabaena sp ja Aphanizomenon sp.
Heinijärveen laskevista ojista luoteiskulmaan laskeva Luolalamminoja kuljetti aiemmin merkittävän määrän ravinteita, varsinkin fosforia, järveen. Fosforikuorman vähentämiseksi Luolalamminojaan, Heinämaantien ja järven väliin, asennettiin keväällä 2015 kaksi fosforisaostajaa. Laitteeseen annosteltava ferrisulfaatti saostaa fosforin, eikä se päädy järveen. Tavoitteena oli, että annostelija on käytössä muutamia viikkoja syksyllä ja keväällä tulvaveden aikaan. Luolalamminojan fosforipitoisuus on sittemmin selvästi laskenut, eikä fosforisaostajien toimivuudesta ja hyödyistä ole saatu riittävästi tuloksia, ja niiden käyttö on tauolla.